Aikaero häiritsee elimistön sisäisen kellon toimintaa, koska se vaatii ponnistelemaan äkillisen uuden aikataulun mukaan. Kaikki elimistön toiminnat eivät pysty nopeasti noudattamaan äkkiä uutta aikataulua, vaan elimistö tarvitsee aikaa sopeutuakseen ja saadakseen uudesta rytmistä kiinni. Toistuessaan lyhyin välein aikaero rasittaa huomattavasti elimistöä. Mitä nopeammin aikaero toistuu, sitä rasittavampaa se on. Mitä useammin aikaero vaatii aikaistamaan sisäistä vuorokausirytmiä, sitä tappavampaa se on.

Vanhemmiten ihmisen sisäisestä kellosta häviää joustavuus. Aivoissa oleva keskuskello toimii edelleen täsmällisesti, mutta laitakellot muualla elimistössä eivät pysy samaan tapaan kapellimestarinsa tahdissa kuin nuorempana. Etenkin aamuyön tunteina, jolloin ihminen tavallisesti nukkuisi yöunensa jälkimmäistä puoliskoa, sisäisen kellon toiminta heikkenee. Sitä, miksi näin tapahtuu, emme vielä tiedä.

Elimistön aloittaessa puolustautumisensa taudinaiheuttajia vastaan veressä kiertävät valkosolut ovat etulinjassa ja vasta-aineiden tuottaminen alkaa. Samalla sisäisen kellon toiminta tehostuu. Sisäinen kello ottaa vastaan myös stressin, jonka elimistö kohtaa rasittavissa tilanteissa. Hiljattain on opittu ymmärtämään, mitä proteiini, joka oli aiemmin tunnettu nimellä CIART tai Gm129 tai C1orf51, tekee soluissa. Se on elimellinen osa sisäistä kelloa, sillä poistogeenisillä hiirillä, kun tätä proteiinia ei ole lainkaan, vuorokausirytmi pitenee ja stressinsieto heikkenee. Arvoituksen ratkettua tutkijat antoivat tälle proteiinille uuden nimen, nimeksi tuli CHRONO. Samaan tapaan kuin sisäisen kellon avainproteiini CRY2, myös CHRONO sitoutuu lisämunuaisen kuorikerroksen tuottamia hormoneja soluihin pyydystävään reseptoriin ja muuttaa vastaanottimen toimintaa. Tämän sidoksen välityksellä sisäinen kello muokkaa solujen toimintaa elimistöä stressaavissa tilanteissa ja silmin nähtävää stressivastetta.

On todennäköistä, että Descartesin kohtalona oli se, että pitkään jatkunut sisäisen kellon kolmesti viikossa toistunut häirintä johti paitsi sisäisen kellon rytmihäiriöihin, myös elimistön immuunipuolustuksen romahtamiseen ja sen takia keuhkokuumeesta tuli tappava.

Etenkin sydän ja verisuonet kärsivät sisäisen kellon rytmihäiriöistä. Syynä tähän on se, että sisäisen kellon häirintä heikentää punasolujen hapenkuljetusta, verisuonissa kiertää runsaammin ylikypsiä punasoluja ja verisuonet myös menevät helpommin tukkoon. Tällöin ihminen on sisäisen kellonsa temppuillessa aivan kirjaimellisestikin heikossa hapessa.