Malarian itsehoitoa suositellaan vain, jos matka kestää yli kaksi viikkoa eikä ole mahdollisuutta hakeutua pikaisesti (1–2 vrk:n kuluessa) hoitoon. Malarian diagnosoimiseen on olemassa pikatestejä, mutta väärien tulkintojen välttämiseksi niitä ei suositella matkailijoiden käyttöön. Itsehoito voidaan aloittaa, jos oireiden perusteella malariaepäily on vahva, mutta lääkärin hoitoon on silti hakeuduttava mahdollisimman pian. Malarian itsehoitolääkkeenä suositellaan ensisijaisesti Malaronea (annos aikuisille 4 tablettia kerran päivässä ruoan kanssa nautittuna kolmen päivän ajan). Meflokiinia ei suositella itsehoitolääkkeeksi mahdollisten haittavaikutusten takia.