Ulosteviljelyä käytetään tarvittaessa ripulin selvittämisessä. Yleensä ripuleista ei kannata ottaa ulosteviljelyä. Useimmat ruokamyrkytykset, turistiripulit ja muut ripulitaudit ovat päivän parin sairauksia, jotka paranevat itsestään jo ennen kuin ulosteviljely ehtii valmistua. Nestetasapainosta huolehtiminen eli riittävä juominen on varsinkin kuumeisen ripulitaudin aikana tärkeää.

Ulostenäyte voidaan tutkia, jos ripuliin liittyy hyvin hankalat oireet, korkea kuume tai jos se pitkittyy. Myös niiden ihmisten, jotka työskentelevät ns. riskityössä ja voivat työssään levittää bakteeria laajemmin, uloste tutkitaan tartuntalain ja asetuksen mukaan tarvittaessa.

Ulostenäyte toimitetaan mahdollisimman nopeasti laboratorioon huoneenlämpöisenä. Siitä otetaan näytteet useille eri elatusaineille, joista kukin on valmistettu tiettyjen bakteerien kasvattamiseen. Ulosteen bakteerit eivät kasva yhtä nopeasti kuin esimerkiksi nielusairauksia aiheuttavat bakteerit. Vastauksen saaminen kestää vähintään 2–5 päivää.

Ulosteviljely 1 (F-BaktVi1) selvittää tavallisimmat bakteeriripulin aiheuttajat: salmonella-, shigella-, kampylo- ja yersinia-bakteerit. Näitä ei normaaliulosteessa ole, joten positiivinen tulos merkitsee todetun bakteerin aiheuttamaa suolen tulehdusta.

Nykyisin voidaan tehdä myös herkempi F -BaktVIP -tutkimus, jossa yhdistetään bakteerien nukleiinihappojen osoitus ja Uloste viljely 1.

Geenimonistukseen perustuvia nukleiinihappotutkimuksia käytetään tarvittaessa myös muutoin ripulin diagnostiikassa. Esimerkiksi tietyissä tilanteissa antibioottihoidon sivuvaikutuksena syntyvää ripulia tutkitaan, koska sen syynä voi olla erityistä hoitoa vaativa ripulibakteeri (Clostiridium difficile-bakteerin nukleiinihapon osoitustestillä (F-CldTNhO)).

Joidenkin muidenkin bakteerien, virusten tai loisten nukleiinihappoa voidaan tutkia geenimonistusmenetelmän avulla.