Ulosteviljelyä ja nukleiinihapon osoitusta käytetään tarvittaessa ripulin selvittämisessä. Yleensä ripuleista ei kannata ottaa ulostenäytteitä. Useimmat ruokamyrkytykset, turistiripulit ja muut ripulitaudit ovat päivän parin sairauksia, jotka paranevat itsestään. Nestetasapainosta huolehtiminen eli riittävä juominen on varsinkin kuumeisen ripulitaudin aikana tärkeää.

Ulostenäyte voidaan tutkia, jos ripuliin liittyy hyvin hankalat oireet, korkea kuume tai jos se pitkittyy. Myös niiden ihmisten, jotka työskentelevät ns. riskityössä ja voivat työssään levittää bakteeria laajemmin, uloste tutkitaan tartuntalain ja asetuksen mukaan tarvittaessa.

Näytteenotto tulisi mahdollisuuksien mukaan ajoittaa niin, että saa toimitettua näytteen saman päivän aikana laboratorioon. Yli kolme vuorokautta viipyneistä näytteistä negatiivinen tulos ei ole luotettava. Kuljetusta odotettaessa näytteet pitäisi säilyttää jääkaapissa.

Nykyisin tutkitaan yleensä ensin nukleiinihapon osoitus ja sen jälkeen joidenkin bakteerien osalta jatketaan viljelyyn. Normaaliulosteessa ei ole tutkittavia taudin aiheuttajia, joten positiivinen tulos merkitsee todetun bakteerin aiheuttamaa suolen tulehdusta. Viljelyn yhteydessä voidaan tehdä herkkyysmääritys mahdollista antibioottihoitoa varten.

Tietyissä tilanteissa antibioottihoidon sivuvaikutuksena syntyvää ripulia tutkitaan, koska sen syynä voi olla erityistä hoitoa vaativa ripulibakteeri (Clostiridium difficile-bakteerin nukleiinihapon osoitustestillä (F-CldTNhO)).

Myös joidenkin virusten tai loisten nukleiinihappoa voidaan tutkia geenimonistusmenetelmän avulla.