Myös sydänsairailla lentokoneen matkustamon vähäinen happiosapaine on merkittävä riskitekijä. Turvallisen matkan raja-arvot ovat samat kuin mitä edellä on esitetty hengitysvajauspotilaille. Jos sydänsairaus on stabiilissa vaiheessa ja henkilö pystyy kävelemään vähintään 100 metriä ja nousemaan yhden kerrosvälin portaita ilman oireita, lentäminen on yleensä turvallista. MEDIF-menettelyä on syytä käyttää, jos matkan turvallisuudesta ei ole varmuutta. Keuhkosairaus tai anemia yhdessä sydänsairauden kanssa voi pahentaa lennon aikaista hapetusvajetta. Varoaikoja sairauskohtauksesta tai toimenpiteistä on esitetty taulukossa Sairaudet ja lentäminen. Vaikka varoajat erilaisten sairauskohtausten ja toimenpiteiden osalta ovat vakiintuneet ja lentoyhtiöiden hyväksymiä, toipilasajalla olevalla ei ole välttämättä täyttä matkavakuutussuojaa ennen kuin 6–12 kuukautta onnistuneesta sydäntoimenpiteestä.

Sepelvaltimotautia, sydämen vajaatoimintaa tai rytmihäiriöitä sairastavalla tulee olla mukana käsimatkatavaroissa koko matkan lääkemäärä, varalla lääkkeitä 1–2 viikkoa yli matkan keston, lääkelista ja mielellään tuore sydänfilmi. Niillä, joilla on tahdistin tai rytmihäiriötahdistin, tulee olla mukana turvatarkastusta varten englanninkielinen tahdistinkortti, jossa mainitaan laitteen merkki ja tyyppi. Metallinilmaisimet eivät riko laitetta eivätkä muuta sen ohjelmointia, mutta todistusta näyttämällä voi pyytää että turvatarkastus tehdään käsin.

Laskimoveritulppien ehkäisy on tärkeää lentomatkoilla myös sydänsairailla, ks. Laskimotukosten ehkäisy.