Terveessä suussa kasvaa normaalifloora, minkä muodostaa suuri joukko erilaisia mikrobeja eli bakteereja, viruksia ja sieniä. Yhdestä sylkimillilitrasta löydetään bakteereja 107, kielen pinnalta 1,5 × 109, hampaan pinnalta (ikenen yläpuolella) 4 × 108 ja ientaskusta 3 × 105. Terveessä suussa nämä eivät aiheuta ongelmia, päinvastoin, ne estävät haitallisten mikrobien kasvua.

Ensimmäiset suun normaaliflooran bakteerit ovat peräisin jo istukasta tai äidin synnytyskanavasta. Syntymän jälkeen lapsi on tekemisissä ympäristön bakteerien kanssa ja osa niistä asettuu pysyvästi suuonteloon. Varhaislapsuuden olosuhteilla on suuri merkitys sille, tuleeko suun bakteerikannasta terveyttä vai sairautta edistävä ottaen huomioon yksilöllinen isännänvaste.

Huono suuhygienia, runsas sokeripitoisten tuotteiden nauttiminen, suun kuivuus, yleissairaudet, mikrobilääkehoito (antibiootti) tai huonosti istuvat hammasproteesit voivat muuttaa mikrobitasapainoa suussa ja edesauttaa hampaiden reikiintymistä (ks. Karies (hampaan reikiintyminen)), hampaiden kiinnityskudosten tulehdusta (ks. Hampaan kiinnityskudostulehdus (parodontiitti)) tai suun sienitulehduksen ilmenemistä (ks. Suun sienitulehdukset).

Suukirurgisten toimenpiteiden jälkeen hammaslääkäri saattaa määrätä käytettäväksi bakteereja tappavaa suuhuuhdetta (klooriheksidiini, ks Antimikrobisten suuvesien vaikuttavia aineita). Hampaiden harjaus ja muu mekaaninen puhdistus on yleensä vaikeaa, tai jopa kielletty, heti leikkauksen jälkeen, jolloin myös suunsairauksia edistävät bakteerit pääsevät lisääntymään suuontelossa. Koska klooriheksidiini tappaa kaikkia bakteereja, sen käyttö ehkäisee leikkaushaavan tulehtumista ja edistää haavan paranemista. Huuhdetta ei saa kuitenkaan käyttää kahta viikkoa pidempään, sillä se tappaa myös suun terveydelle ja ruuansulatukselle hyödyllisiä suun normaaliflooran bakteereja. Huuhteen käytön lopettamisen jälkeen normaalifloora suussa palautuu ennalleen nopeasti.

Kariesbakteerit

Hampaiden reikiintymistä aiheuttavat bakteerit kiinnittyvät hampaan pintaan ja tuottavat ravinnon sokereista aineenvaihduntatuotteena happoja. Lisäksi ne viihtyvät hyvin happamassa ympäristössä ja lisääntyvät siinä entisestään. Karieksen kehittymiseen ja esiintyvyyteen vaikuttavat useat eri bakteerit; eniten luotettavaa tutkimusnäyttöä on mutans-streptokokkibakteereista ja laktobasilleista.

Mutans-streptokokkibakteerit

Mutans-streptokokkibakteerit ilmaantuvat suuhun pian ensimmäisten maitohampaiden puhkeamisen jälkeen. Lapsi saa mutans-infektion yleensä tartuntana (sylkikontaktina) läheisiltä aikuisilta tai leikkitovereilta. Useimmiten tartunta tapahtuu 1,5–2,5-vuotiaana. Mutans-streptokokkibakteereja esiintyy syljessä noin kolmanneksella 3-vuotiaista suomalaislapsista ja hampaan pinnalla yli puolella. Maitohampaistosta mutans-streptokokit siirtyvät esimerkiksi syljen tai hammasharjan avulla puhkeaviin pysyviin hampaisiin.

Mutans-streptokokkien määrää suussa lisäävät muun muassa voimakas mutans-infektio lapsuudessa, runsas sokerin käyttö, huono suuhygienia, kuiva suu, runsaat bakteerien kiinnityskohdat hampaissa (esim. paikkaylimäärät ja avoimet kariespesäkkeet), oikomislaitteet, osittain puhjenneet viisaudenhampaat sekä osa- ja kokoproteesit.

Jos kuitenkin suuhygienia on hyvä, fluorin saanti säännöllistä (hammastahna), sokerin käyttö vähäistä tai kohtalaista ja syljen eritys normaalia, eivät hampaat välttämättä koskaan reikiinny, vaikka mutans-streptokokkien tasot suussa olisivat korkeat.

Laktobasillit

Laktobasillit ovat hammasplakin normaaleja bakteereita, joiden osuus plakissa on terveessä suussa vähäinen. Hammasplakiksi kutsutaan hampaan pinnalle kertyvien bakteerien ja niiden tuottamien aineenvaihduntatuotteiden muodostamaa biofilmiä. Biofilmi helpottaa bakteerien kiinnittymistä hampaan pintaan ja toimii samalla niiden ravintona.

Karieksen kehittyessä syljen, plakin ja hampaassa olevan kariesvaurion pH laskee, jolloin laktobasillit lisääntyvät nopeammin kuin muut bakteerit. Usein toistuva pH:n lasku, esimerkiksi tiheän sokerin käytön vuoksi, lisää laktobasillien määrää. Reikiintyneessä hampaassa suuri osa bakteereista on laktobasilleja.

Laktobasillien määrä on yleensä vähäinen maitohampaistossa. Pysyvien hampaiden puhjettua hampaistoon ilmaantuu laktobasilleille sopivia kiinnityskohtia (esim. syvät uurteet purupinnoilla, ahtaat hammasvälit, asentovirheet, paikkojen reunat), jolloin laktobasillien määrä pääsee herkästi lisääntymään. Karieksen ehkäisyä, hallintaa ja hoitoa käsitellään tarkemmin artikkeleissa Lapsen kariesbakteeritartunnan ehkäisy, Fluorin käyttö lapsella ja Reikiintyminen (karies), hampaan juurenpään tulehdukset.

Hampaan kiinnityskudoksen bakteerit

Hampaisiin kiinnittyvästä plakista on viljelty kaikkiaan yli 500 erilaista bakteeria. Parodontiitin aiheuttajabakteereina eli patogeeneina pidetään joitakin keskeisiä bakteerilajeja, kuten Porphyromonas gingivalista, Tannerella forsythiaa, Prevotella intermediaa ja Treponema denticolaa. Niiden rikastuminen ienrajan ja -taskun plakissa eli biofilmissä voi laukaista tulehdusreaktion edellyttäen altista isäntää eli sopivia suun olosuhteita. Bakteerien vaikutuksesta ienkudoksessa vapautuu erilaisia tulehduksenvälittäjäaineita, jotka ovat syynä paikalliseen kudostuhoon. Kiinnityskudoksen tuhoutuessa ientasku syvenee lisää luoden hapettomassa tilassa viihtyvien parodontiitin bakteerien kasvulle entistä paremmat olosuhteet. Olennaista onkin luoda suuhun sellaiset olosuhteet, etteivät patogeenit siellä viihdy. Tämä tarkoittaa tehokasta omahoitoa, harjausta kaksi kertaa päivässä ja hammasvälien puhdistusta, sekä säännöllistä ylläpitohoitoa. Parodontiitti on krooninen sairaus, johon liitetyt patogeenit palaavat suuhun takaisin, mikäli olosuhteet sen sallivat.

Sienet

Hiivasientä esiintyy osana normaalikasvustoa suun limakalvolla 40–45 %:lla väestöstä ja jopa terveen lapsen suun normaalifloorassa. Suun sienitulehduksen tavallisin aiheuttaja on Candida albicans (ks. Suun sienitulehdukset). Sienitulehdukselle altistavat muun muassa heikentynyt vastustuskyky, kuiva suu (ks. Kuiva suu), toistuvat mikrobilääkitykset ja immunosuppressiivinen lääkitys (taulukko Suun terveys ja lääkkeet).

Sieni-infektio todetaan ottamalla suun limakalvoilta sivelynäyte, joka viljellään tutkimuslaboratoriossa. Mikäli vastauksena on selkeä, runsas hiivakasvu, hoitona on paikallishoito (sienilääke). Lisäksi mahdollisesti huonosti istuva proteesi pitää uusia tai pohjata, ja hyvästä proteesin puhdistuksesta ja suun omahoidosta pitää huolehtia. Suun omahoito käsittää suun kostutuksen, mikäli suu on kuiva.

Muut kuin albicans-lajin hiivasienet voivat olla usein vastustuskykyisempiä hoidolle. Näitä hiivoja tavataan useimmiten monisairailla ja ikäihmisillä, joilla on proteesit. Hiivasienitulehduksen ehkäisyyn tulee kiinnittää huomiota.